Euler và người bạn Daniel Bernoulli là những người chống đối chủ nghĩa đơn tử (monadism) của Leibniz và triết học của Christian Wolff. Euler quả quyết rằng kiến thức hiểu biết là một phần nền tảng của cơ sở của các định luật miêu tả định lượng chính xác, một số thứ mà chủ nghĩa đơn tử và triết học Wolff không nhắc đến. Những định hướng tôn giáo của Euler cũng có thể có ảnh hưởng đến sự không thích giáo lý; ông đi đến cho rằng các ý tưởng của Wolff là "ngoại đạo và vô thần".[89]

Những hiểu biết về niềm tin tôn giáo của Euler có thể dựa theo cuốn Lá thư gửi đến công chúa Đức và một công trình trước đó, Rettung der Göttlichen Offenbahrung Gegen die Einwürfe der Freygeister (Bảo vệ Khải Huyền của Thiên Chúa chống lại Phản đối của Người tự do). Những tác phẩm này cho thấy Euler là một Kitô hữu mộ đạo, người tin rằng Kinh thánh sẽ được truyền cảm hứng; Rettung chủ yếu là một luận cứ cho cảm hứng thiêng liêng của thánh thư.[90]

Có một huyền thoại nổi tiếng[91] lấy cảm hứng từ lập luận của Euler với các triết gia thế tục về tôn giáo, đặt trong thời gian Euler làm việc tại Viện hàn lâm St Petersburg lần thứ hai. Nhà triết học người Pháp Denis Diderot đã đến thăm Nga với lời mời của Ekaterina II Đại đế. Tuy nhiên, Hoàng hậu đã được cảnh báo rằng các luận cứ của nhà triết học cho thuyết vô thần có thể ảnh hưởng đến các thành viên của tòa án của bà, và do đó Euler đã được yêu cầu phải tranh luận với nhà triết Pháp. Diderot được thông báo rằng một nhà toán học đã đưa ra chứng minh về sự tồn tại của Chúa: ông đồng ý đến tòa án để xem chứng minh này. Euler xuất hiện, tiến đến Diderot, và với giọng nói mang đầy tính thuyết phục tự tin tuyên bố: "Thưa ngài, a+bn/n=x, do đó Chúa tồn tại—ông đáp lại!" Diderot, (theo như câu chuyện) người không hiểu gì về toán học, đứng chết lặng trong khi những người xung quanh tòa án cười vang. Cảm thấy bối rối, ông đề nghị rời khỏi nước Nga, một lời yêu cầu được Nữ hoàng chấp thuận ngay lập tức. Tuy nhiên đây có thể là một giai thoại gây cười, bởi vì thực tế Diderot cũng là một nhà toán học.[92] Giai thoại này đã được Dieudonné Thiébault kể lần đầu tiên[93] với những thông tin thêm thắt vào từ phía Augustus De Morgan.[94][95]